桓温与桓玄：东晋权力斗争的父子二人

殷仲堪依然犹豫不决，桓玄又说这是齐桓、晋文的举动，司马道子懦弱无能，必能成功。

殷仲堪这才同意与王恭同盟起兵，而司马道子也没让桓玄失望，他听到两大强藩要起兵清君侧，便把一切问题推到王国宝身上，“乃委罪国宝”，责令他自杀，然后派人向王恭谢罪。

王兄弟的人头还真管用。王恭罢兵，退还京口。殷仲堪虽声附王恭，却一直犹豫未敢真正发兵，听见王国宝被杀的消息，才“抗表举兵”，遣部将杨佺期进屯巴陵。司马道子亲自写信劝止，殷仲堪也就顺坡下驴，率兵还镇。

于是一场风波暂时平息。

然而树欲静而风不止。司马道子的世子司马元显才十六岁，以宗室得为侍中，但早熟老到，“少年有俊才”，他认为王、殷肯定会再次起兵，劝父早做准备。司马道子见儿子所见不俗，大喜，拜为征虏将军，配了大批兵将归他指挥。同时，又用宗室谯王司马尚之、司马休之兄弟为心腹，派司马尚之的参谋王愉（王国宝异母兄）出任江州刺史，以备王、殷两人的再次起事。

桓玄方面，见王恭、殷仲堪初次起兵无功而返，自己也没捞到便宜，便上书请求朝廷调任广州。司马道子正心忌桓玄在荆州与殷仲堪相互呼应，马上照准，调任其为广州刺史。桓玄虽受命，却在原地不赴任，拖延行期，以观时变。

这时豫州刺史庾楷又为报好友王国宝被当替罪羊杀掉之仇，以及对朝廷割其下属四郡由王愉掌管的不满，派儿子庾鸿游说王恭：“司马尚之兄弟现在掌握实权，目的是要借朝廷名义削弱方镇，现在他们谋议未成，应先下手为强。”

王恭早就怀疑司马尚之兄弟对外甥安帝不利，于是听从庾楷之议，于隆安二年（398年）通使殷仲堪、桓玄，再次起兵。

司马道子忧惧，不知所为。于是，他悉以朝政委儿子元显，自己则天天饮酒消愁。多亏元显还有点勇气，他命王愉守卫江口，自己则亲自率军陈兵石头城，以抵御叛军。

由于第一次起兵时徘徊观望，殷仲堪一直觉得很没面子。此次兴兵，殷仲堪急不可耐，但自己又不会将兵，便把指挥权统统交给时为南郡相的杨佺期。杨佺期为先锋，率水军五千先行，桓玄领兵继之。殷仲堪则自带二万军，殿后而行。

九月，杨佺期、桓玄刚兵至温口，王愉就一箭未发，仓皇逃往临川。

晋廷又硬着头皮，派卫将军王珣、右将军谢琰（谢安之子）带兵讨王恭，遣司马尚之将兵讨庾楷。

庾楷慷慨义气了半天，却一战即溃，单骑奔桓玄。桓玄有智有勇力，在白石大破官军，与杨佺期连兵直逼横江，司马尚之兄弟大败。晋军各路皆退，只得回兵固守石头城。

然而就在盟军形势一片大好之际，王恭军却发生了严重的内讧。

王恭用的是北府兵。北府兵大将刘牢之不赞成起兵，又受元显使者的游说，把王恭抓起来，送到建康处死。刘牢之也因此被晋廷晋为都督兖、青、幽、冀、并、徐、扬八州诸军事，完全取代了王恭的职位。然后率北府劲卒驰援京师，于新亭扎下大营。桓玄、杨佺期皆惊惧失色，退至蔡洲。殷仲堪数万大军倒没被吓倒，仍向京师逼近。