桓温与桓玄：东晋权力斗争的父子二人

元显这一手确实有效果，但他明显是低估了桓玄，高估了殷仲堪。

不久，杨佺期想先动手，袭击桓玄，然而殷仲堪却怀疑他的用心，苦苦劝止，又派堂弟殷遹屯兵北边驻守（防备襄阳的杨佺期），杨一人不足以单独举事，只得罢手。

然而，殷仲堪不动手，桓玄却先下手为强了。这年荆州大水，殷仲堪尽力救灾，把仓库存粮都用光了。桓玄登时便起了乘虚伐人的念头，他以杨佺期不救洛阳为借口，发兵西上，进攻江陵。殷仲堪召杨佺期来救，杨佺期认为江陵缺粮，难以拒敌，要他到襄阳去。殷仲堪心慌，就骗杨说已经集齐了大批粮食。杨佺期信以为真，领兵到江陵，才知上了当。桓玄兵到，打败杨部，杀死杨佺期。殷仲堪想北逃，也被追兵擒获杀死。

荆、襄都到了桓玄手中。隆安四年（400年），朝廷不得不依照他的意愿，任命他都督荆、江八州及扬、豫八郡诸军事，领荆、江二州刺史。

于是，桓玄使兄桓伟做襄阳刺史，侄子桓振做淮南太守。这样一来，西起蜀中，东到历阳、芜湖，就都在桓氏的掌控之内了。

司马氏已经危如累卵了，司马元显一伙却自我感觉良好。他与父亲各占一座府第，号为“东录”、“西录”，门前整日停满车马，欢宴宾客，他的亲信不是自命豪杰，就是自诩名士，遇上正事却百无一用。

元显本人更是骄傲自大，残暴好杀，他征发诸郡刚刚免除奴隶身份的大族附荫民户，强迁至京城充兵役，号为“乐属”，本来这些民户刚刚获得自由农身份，过上点小日子，忽然又变成了“兵籍”，自然心中怨恨。同时，大地主大世族对此也极为不满，因为晋廷的命令使他们损失巨大，由此，也对元显恨之入骨。晋廷的不得人心，使得江东诸郡百姓痛心疾首，纷纷思叛。

隆安五年（401年），原来被赶到海岛上的孙恩再次北上，五月，攻陷沪渎，杀吴国内史袁山松；六月，西进至丹徒，已有海船一千余艘，战士扩编至十多万人，建康为之震动。

桓玄听闻贼众进逼京师，立即集结部队，上疏请讨孙恩。元显害怕桓玄因此壮大，坚决不肯，他再次命刘牢之、刘裕出击，十一月，刘裕在沪渎、海盐破贼十万余，孙恩“由是衰弱，复缘海南走。”

但这时，桓玄已经拥有东晋三分之二的版图，他屡屡派人上献自己能为帝王的符瑞，借以惑众。同时，又连续上书说，司马元显父子任用奸佞，祸国殃民，要求朝廷惩治。桓玄的反心已彰。